La BSA está preocupada porque esta política puede suponer una ventaja para los sistemas abiertos en los concursos públicos de las administraciones. Los gigantes del software desean un giro europeo en esta política para "asegurar que los innovadores que poseen patentes y otras propiedades intelectuales puedan participar en el suministro de servicios a los gobiernos para el desarrollo de la administración electrónica". La BSA interpreta que una política que favorezca los sistemas libres de patentes empujaría a las compañías a abandonar las suyas, renunciar a los royalties, para conseguir contratos en el sector público.
Uno de sus ejecutivos considera que esta política tiene los mismos "preocupantes ecos" que la mantenida por las autoridades chinas. Bruselas asegura que el plan no implica un desprecio a los derechos generados por las patentes ni una obligación gubernamental de admitir únicamente sistemas abiertos.
Empresas asociadas a ECIS, una asociación internacional que promueve entornos interoperables y en el que participan compañías como IBM, Nokia y Oracle, defienden por su parte que los estándares abiertos aseguran que el software compite en innovación y precio más que encerrar a los usuarios en un entorno informático del que no pueden salir y que hace inaccesibles sus datos si emigran a otro.
El contencioso sobre la interoperabilidad ha tenido algún episodio llamativo como la multa a Microsoft por parte de la Unión Europea por no licenciar sus protocolos a desarrolladores de software abierto a precios razonables.
En España, la ley para el acceso electrónico de los ciudadanos a la administración recoge el derecho de éstos de poder hacerlo con software libre.
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